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虽然眼斑水龟生命力很强且无大病，但有时偶见小病，有的病还有传染性，所以平时要注意观察检查。一旦发现异常，要及时对症下药，以免造成经济损失。
1、感冒。初春或初冬气候多变，如果饲养管理不当，少数龟有感冒现象发生，特别是温室内通风不良而又突然降温时容易出现。症状是龟呼吸有声，鼻孔阻塞，偶尔流粘液或结痂现象，有的流眼泪，甚至口中发声。发病后，可在饲料中加入病毒灵喂之，每500克龟每天喂半粒，如有喉炎，可用西瓜霜粉剂喷入龟嘴内，每天两次，一般连用3-4天药即可治愈。
2、肠胃炎。夏季喂不洁或腐败变质的饲料易引起肠炎，有的龟呕吐，拉稀便，水泻，池中的龟都食欲不振，食量明显下降，如不及时治疗，可引起病龟脱水死亡。可注射氯霉素或庆大霉素，每500克龟用0.2克，每天一次，并对池水进行消毒和做好病龟的隔离工作。
3、消化不良。如果长期投喂过量饲料或耐消化的食物，招致龟贪吃后引起消化受阻，甚至造成部分龟拒食。所以饲料不要单一，要多样化。如发现消化不良，首先要改投鲜、香味饲料引导食欲，并对病龟灌服多酶片溶液，每500克龟1粒1次，也可用其他有助消化的药物（如：酵母片等）。不要过量喂以蚕蛹、肥肉等高脂肪食物，否则时间一长导致脂肪代谢不良症后，会增加治疗难度。
4、烂板壳病。此病主要是病菌侵入龟壳内发生糜烂。其症状是龟的背壳或底板最初出现白色斑点，慢慢出现红色块状，用力压之，有血水挤出。治疗时可将患处表皮挑破，挤出血水，用食盐涂擦，擦后即冲洗，每天一次，连用五天。
5、外伤炎症。由于池子粗糙而擦伤皮肤，或在运输中互相抓伤而引起细菌感染发炎，可用双氧水伤口消毒，涂上红药水或紫药水，也可抹上消炎药膏，然后离水干养几天即愈。如果没有及时发现炎症内侵，可选用四环素、螺旋霉素拌饲料喂治，每次用量即：500克龟是人一次用量的二分之一，每天一次，连用三天。
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